果肉とは、皮と種子の間の部分のことで、食用に用いることができる部分のことをいいます。コーヒー豆は、この食用部分を取り除いた種子の部分を使います。厳密には、胚乳と胚芽を合わせた部分を用います。
コーヒーの果肉は、未熟なときは渋みやえぐみがありますが、完熟すると、甘酸っぱくなり食べられないことはありません。しかし、果肉の部分は少ないため、あえて食用としてとっておくよりも、皮と一緒に廃棄してしまったほうが処理が簡単であるため、食用に用いずに廃棄したり、堆肥として使用することが多いです。
因みに、コーヒーの果肉にはカフェインが含まれます。